Эхинокандины представляют собой водорастворимые липо-пептиды, блокирующие синтез глюкана, компонента клеточной стенки гриба.

По формальным признакам препараты этой новой группы могут быть отнесены к полусинтетическим антибиотикам, так как они происходят из грибковых штаммов. Они представляют собой модифицированные липопептиды (циклические декапептиды с протяженным липидным радикалом), которые были получены в результате скрининга продуктов ферментации грибов. Механизм действия препаратов данной группы уникален: они по неконкурентному механизму блокируют 1,3-бетаглюкансинтазу, участвующую в формировании клеточной стенки гриба, за счет чего нарушается синтез необходимого для ее функционирования бета-(1,3)-D-гликанов. Историческим предшественником эхинокандинов с аналогичным типом действия были папулакандины – дисахариды с похожим липидным радикалом, синтезируемые почвенным плесневым грибом Arthrinium (Papularia) sphaerosperma.