Центральные органы иммунной системы – костный мозг и тимус. В них из стволовых кроветворных клеток лимфоциты дифференцируются в зрелые неиммунные лимфоциты, так наз. наивные лимфоциты (от англ. naive), или девственные (от англ. virgine).
кроветворный костный мозг – место рождения всех клеток иммунной системы и созревания B-лимфоцитов (B-лимфопоэз)
тимус (вилочковая железа) отвечает за развитие T-лимфоцитов: T-лимфопоэз (реаранжировка, т.е. перестройка генов TCR, экспрессия рецепторов, и т. д.). В тимусе отбираются T-лимфоциты (CD4 и CD8) и уничтожаются высокоавидные к собственным антигенам клетки. Гормоны тимуса завершают функциональное созревание T-лимфоцитов, повышают секрецию ими цитокинов.
Периферические лимфоидные органы и ткани (лимфатические узлы, лимфоидные структуры глоточного кольца, лимфатические протоки и селезенка) – территория взаимодействия зрелых неиммунных лимфоцитов с антигенпрезентирующими клетками (АПК) и последующей антигензависимой дифференцировки (иммуногенеза) лимфоцитов. В эту группу входят: лимфоидная ткань, ассоциированная с кожей (Scin-Associated Lymphoid Tissue – SALT); лимфоидная ткань, ассоциированная со слизистыми оболочками (Mucosus-Associated Lymphoid Tissue – MALT) желудочно-кишечного, респираторного и мочеполового трактов (солитарные фолликулы, миндалины, пейеровы бляшки и др.). Пейеровы бляшки (групповые лимфатические фолликулы) - лимфоидные образования стенки тонкой кишки. Антигены проникают из просвета кишки в пейеровы бляшки через эпителиальные клетки (М-клетки).