Антиген – генетически чужеродное вещество (белок, полисахарид, липополисахарид, липопротеин, нуклеопротеин), способное, при введении в организм или при образовании в организме, вызывать специфический иммунный ответ и взаимодействовать с антителами и антигенраспознающими клетками.

Антиген содержит несколько различных или повторяющихся эпитопов. Эпитоп (антигенная детерминанта) – отличительная часть молекулы антигена, обусловливающая специфичность антител и эффекторных T- лимфоцитов при иммунном ответе. Эпитоп комплементарен активному центру антител или T-клеточному рецептору. Антигены, вызывающие аллергию, называются аллергенами, а иммунологическую толерантность - толерогенами.

Суперантигены – антигены микробов, взаимодействующие с МНС II класса антигенпрезентирующих клеток (АПК) и T-клеточным рецептором (TсR) T-лимфоцитов, вне антигенсвязывающей щели, т.е. не в активных центрах. Суперантигены присоединяются как бы сбоку молекул МНС II и TсR. Они блокируют возможный специфичный иммунный ответ и вызывают поликлональную активацию, выброс цитокинов и, затем, гибель T-лимфоцитов с явлениями иммунодефицита. Суперантигенами являются энтеротоксины стафилококков, токсин синдрома токсического шока, суперантигены вируса Эпстайн-Барр и др.

Антигены главного комплекса гистосовместимости (MHC – Major histocompatibility complex). МНС у человека называются HLA (англ. Human leucocyte antigene). Антигены МНС I класса имеют все ядросодержащие клетки, а МНС II класса - только антигенпрезентирующие клетки. Антигены MHC I и II классов участвуют в презентации (представлении) клетками антигенного пептида T-лимфоцитам: продукты MHC I класса презентируют (представляют) антигенный пептид CD8⁺ T-лимфоцитам, а MHC II класса – CD4⁺ T-лимфоцитам. Имеются неклассические молекулы MHC, или MHC-подобные (например, CD1)